يقع المتحف القبطى داخل حصن بابليون. الذى شيد فوق برجين من ابراجه الكنيسة المعلقة الشهيرة بمنطقة مصر القديمة حاليا .

ويعود الفضل في بناء هذا المتحف لمرقس باشا سميكة والذى طالب عام 1893 أن تضم الآثار القبطية إلى اهتمامات لجنة حفظ الآثار والفن.

وسعى جاهدا حتى تمكن من بناء المتحف الذى أفتتح عام 1910 وعين هو كأول مدير المتحف .

ويضم المتحف حوالى 20000 قطعة أثرية تتنوع ما بين الاحجار والاقمشة والمنسوجات والأخشاب والفخار والايقونات والمخطوطات القبطية.

تعكس مجموعة الآثار بالمتحف التاريخ القبطى من بداياته الأولى فى مصر خلال ازدهارها كمركز رائد للمسيحية فى العالم.

كما تعكس الآثار المعروضة فى المتحف المزج بين الفن القبطى و الثقافات السائدة بما فى ذلك الفرعونية، واليونانية، والرومانية، والبيزنطية والعثمانية، وتطورها ليصبح لها شخصيتها وهويتها الخاصة.